Asezarea Mănăstur a început să se înfiripe în secolul al IX-lea, în jurul ridicăturii de pământ pe care ulterior, în secolul al XI-lea s-a ridicat mănăstirea benedictină care a funționat aici. Mănăsturul a fost atestat documentar încă din anul 1063.
Din perioada colonizării germane a Clujului aici începe să se formeze un grup de țărani liberi care deserveau abația. Pe lângă aceștia se vor aduna aici și mulți români, care nu aveau drept de a se așeza în cetatea Clujului.
La CIuj-Mănăștur exista o mănăstire zidită de „quondam Paulus a Macedonia", negustor în Cluj, împreună cu ginerele său, „Georgius Literátus Christophor", de asemenea negustor în Cluj. Vlădica Teofil le dă din soborul ținut în Alba-Iulia la 17 Iunie 1696 lor, și urmașilor lor, dreptul de patronat asupra mănăstirii.
În anul 1895 satul devine parte componentă a orașului Cluj. Conform datelor ultimului recensământ separat pentru Mănăștur, din anul 1890, din totalul de 3.099 de locuitori, 1.569 s-au declarat maghiari, 1.489 români, 16 germani, 5 slovaci ș.a. La începutul secolului al XX-lea satul era unul mixt, româno-maghiar.
La Mănăștur existau în perioada interbelică două parohii, una greco-catolică, deservită de călugării din Ordinul Sf. Vasile cel Mare, care avea drept lăcaș de cult (închiriat pe 30 de ani) Biserica Calvaria, și una romano-catolică, cu sediul pe str. Mănăștur la nr. 4, deservită de iezuiți.
În timpul administrației maghiare din anii 1940-1944 Mănășturul s-a aflat la o distanță de 1km de frontiera cu Regatul Român, situată pe Dealul Feleacului, între Mănăștur și Feleac. Ca buni cunoscători ai locului, unii dintre mănăștureni s-au ocupat în perioada respectivă cu acțiuni de contrabandă și de trafic de persoane, în urma cărora au fost salvate viețile unor evrei.

În 1946 satul a sprijinit, alături de satele Someșeni și Florești greva studenților din Cluj și a fost unul dintre principalele puncte de rezistență împotriva instalării comunismului (democrației populare) în zonă. În perioada instalării comunismului satul era cunoscut pentru faptul că la intrare (aproximativ în zona din fața fabricii de bere) sătenii au menținut o pancartă pe care scria cu litere mari: „PÂNĂ AICI DEMOCRAȚIA, DE AICI MĂNĂȘTUR!”^.
"Mănășturul însemna grădini de vară, restaurante tot la a doua casă, trandafiri. Acolo mi-am trăit studenția mea, era o viață interesantă, iar mănășturenii erau petrecăreți, dădeau tonul. Totul a dispărut, nu mai e nimic", spune istoricul Gheorghe Bodea.
În perioada 1965-1989 casele au fost demolate, iar pe teritoriul satului a fost dezvoltat de către un grup de arhitecți nord-coreeni cartierul cu același nume. Blocurile construite aici au reprezentat locuințe funcționale pentru muncitorii de la Combinatul de Utilaj Greu Cluj-Napoca. Pentru popularea sa au fost aduși oameni de la sate din întregul județ. Locuitorii și-au păstrat și acum spiritul rural, în fața blocurilor existând de multe ori bănci de lemn pe care oamenii stau și povestesc sau joacă cărți. În prezent este cel mai populat cartier al municipiului Cluj-Napoca.